Առողջապահության համակարգում Սամվել Խարազյանի կարիերան նոր փուլ է մտնում՝ Նիկոլ Փաշինյանի որոշմամբ նա նշանակվել է առողջապահության նախարարի տեղակալ։ Որոշումը ստորագրվել է 2026 թվականի օգոստոսի 29-ին։ Նույն օրը փոխնախարարի պաշտոնում նշանակվել է նաև Լենա Նանուշյանը։ Խարազյանը նոր մարդ չէ առողջապահության համակարգում: Նա տարիներ շարունակ աշխատել է Պետական առողջապահական գործակալությունում, իսկ վերջին տարիներին զբաղեցրել է այլ առանցքային պաշտոններ։ 2024թ. հուլիսի 1-ից մինչև 2025թ. դեկտեմբերի 26-ը զբաղեցրել է Առողջապահության նախարարության Պետական առողջապահական գործակալության պետի պաշտոնը, իսկ 2026-ին՝ Առողջության համընդհանուր ապահովագրության հիմնադրամի գլխավոր տնօրենի ժամանակավոր պաշտոնակատար է եղել։ Բայց Խարազյանի կենսագրության ամենաքննարկված դրվագներից մեկը 2016 թվականն է։ 2016-ի հունիսին Սամվել Խարազյանը, որն այդ ժամանակ աշխատում էր Առողջապահության նախարարության Պետական առողջապահական գործակալությունում, ձերբակալվել էր այլ պաշտոնյաների հետ միասին։

Նրա նկատմամբ խափանման միջոց էր ընտրվել` ստորագրությունը չհեռանալու մասին։ Քննչական կոմիտեն հայտնել էր, որ Սամվել Խարազյանին և մեկ այլ պաշտոնյայի՝ Սեդրակյանին, մեղադրում են 2012-2014 թվականներին պաշտոնեական պարտականությունները անձնական շահագրգռվածությունից ելնելով չկատարելու մեջ, որի հետևանքով կեղծվել էին անվճար հատկացվող առողջարանային բուժօգնության ուղեգրերը և յուրացվել պետական միջոցներ։ Այսինքն՝ խոսքը վերաբերում էր ոչ թե որևէ մասնավոր գործարքի, այլ հենց այն համակարգին, որը պետական միջոցներով քաղաքացիներին առողջարանային բուժօգնության ուղեգրեր էր տրամադրում։ Այդ ժամանակ ձերբակալվածների թվում էր նաև Պետական առողջապահական գործակալության պետ Սարո Ծատուրյանը։ Նրա նկատմամբ, ըստ Քննչական կոմիտեի, մեղադրանք էր առաջադրվել Քրեական օրենսգրքի 308-րդ հոդվածի 2-րդ մասով՝ պաշտոնեական լիազորությունները չարաշահելու համար։ Սակայն քրեական գործը հետագայում կարճվել է։ Խարազյանի կարիերան այդ պատմությամբ չի ավարտվում: 2022 թվականին վարչապետի որոշման մեջ նա արդեն հիշատակվում է առողջապահության ոլորտի պատվիրակության կազմում՝ որպես Առողջապահության տնտեսագետների ասոցիացիայի նախագահ։

Հետագայում Խարազյանը վերադարձավ պետական առողջապահական համակարգ։ 2025 թվականի ապրիլի վարչապետի որոշմամբ նա արդեն նշված էր որպես Առողջապահության նախարարության Պետական առողջապահական գործակալության պետ։ Այդ պաշտոնը կարևոր էր հատկապես այն պատճառով, որ Պետական առողջապահական գործակալությունը զբաղվում էր պետական պատվերի և առողջապահական ֆինանսավորման առանցքային գործընթացներով։ 2026 թվականին Խարազյանը տեղափոխվել է նորաստեղծ առողջության համընդհանուր ապահովագրության համակարգի կենտրոն։ Առողջության համընդհանուր ապահովագրության հիմնադրամի պաշտոնական կայքում նա ներկայացված էր որպես գլխավոր տնօրենի ժամանակավոր պաշտոնակատար։ Իսկ հունիսին վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանը, խոսելով հիմնադրամի ձևավորման մասին, հրապարակայնորեն շնորհակալություն էր հայտնել Խարազյանին`կատարած աշխատանքի համար և նշել, որ նա «որևէ կարգավիճակով» շարունակելու է իր մասնակցությունը գործընթացին։ Այժմ այդ «այլ կարգավիճակը» արդեն հայտնի է․ օգոստոսի 29-ի որոշմամբ Սամվել Խարազյանը նշանակվել է առողջապահության նախարարի տեղակալ։ Խարազյանի կենսագրության հետաքրքիր կողմերից մեկն էլ այն է, որ նրա կարիերան սկսվել է դեռևս նախորդ իշխանությունների շրջանում։ 2016 թվականի քրեական պատմության ժամանակ նա աշխատում էր Պետական առողջապահական գործակալությունում, իսկ տարիներ անց նույն համակարգ վերադարձավ արդեն Նիկոլ Փաշինյանի կառավարության օրոք։